随着科技的发展，学术界对于论文查重的需求也越来越高。论文查重可以帮助学者发现他们的研究是否存在重复，以及是否侵犯了他人的知识产权。然而，一个问题引起了较大的争议：论文查重中自己已发表的论文会算重复吗？

在学术界，自我引用已发表的论文是一种常见的现象。许多学者会在新的研究中引用自己的旧作，以继续探索或扩展之前的研究成果。然而，这就引发了论文查重的问题。

从逻辑上讲，自己已发表的论文并不应该算作重复。原因是这些论文已经通过同行评审过程，并获得了学术界的认可。根据学术道德和学术自由原则，学者应该能够自由引用自己的旧作，并将其作为构建新研究的基础。此外，自我引用还有助于展示学术发展的延续性和连贯性。

然而，有些学术期刊或论文查重系统可能会将自引用的部分视为重复。这是因为这些系统通常会将已发表的论文纳入其数据库，并与新投稿的论文进行比对。如果新投稿的论文中出现了与已发表论文相似的段落或内容，系统可能会判定为重复。尽管如此，学术期刊也意识到这个问题，并会要求作者提供已发表论文的完整引用，以避免误判。

总之，自己已发表的论文不应该算作重复。学者应该有权引用和建立在自己旧作基础上的新研究。然而，在某些情况下，论文查重系统可能会误将自引用视为重复。为了避免这种误判，作者应提供完整的引用信息，并与学术期刊或查重系统进行沟通，以确保公正的判定结果。同时，学术期刊也应该进一步优化论文查重系统，以提高其准确性和可靠性。