现如今，学术界对于保护知识产权和维护学术诚信日益重视，因此校内论文查重工作变得十分重要。那么，校内论文查重时会检测保密论文吗？

学术界普遍采用的论文查重系统主要有两种，一种是基于互联网的查重系统，另一种是校内自建的查重系统。这两种系统均具备一定的相似性比对功能，能够在海量的论文库中检测出相似的内容，并给出相似度报告。

在校内论文查重时，是否会检测保密论文是一个十分重要的问题。一般而言，学校会事先与学生签订保密协议，对于保密论文进行特殊处理。这样一来，在校内自建的查重系统中，保密论文的内容将不会被上传到论文库中进行相似性比对。因此，可以说校内论文查重系统会保护保密论文的内容。

然而，需要明确的是，校内论文查重系统并不能完全避免保密论文的泄露风险。因为查重系统仅仅是在论文库中进行相似性比对，如果保密论文的内容被外部泄露，在互联网上出现相似的论文，仍然有可能被查重系统检测到。因此，对于保密论文的保密性，仍然需要学生和学校采取其他措施来保护。

总之，校内论文查重时会检测保密论文，但是在保护保密论文的过程中仍然需要注意其他安全措施。这对于维护学术诚信和保护知识产权具有重要意义，也有助于提高学术界的发展水平。