随着高等教育的普及和研究生教育的快速发展，研究生毕业论文也成为评判学生综合能力和学术水平的重要标志之一。然而，由于学术不能廉洁和不诚实行为的存在，学校对研究生毕业论文进行查重已经成为一个必要的环节。然而，如果学生的论文在查重系统中被判定为不合格，将会产生一系列的不良后果。

首先，学校可能会对论文抄袭或剽窃行为进行严肃处理。对于学校而言，确保学术诚信和成果的真实性是重中之重。如果学生的论文被查重系统判定为不合格，那么学校将会对该生进行严肃的追责处理，包括警告、处罚乃至开除。

其次，学生的学术声誉可能会受到严重的损害。毕业论文是学生在研究生阶段的重要学术成果，而被查重系统判定为不合格的论文意味着该生的学术诚信受到了质疑。这将对学生未来的学术发展和就业产生不可忽视的影响，可能会导致学术界和用人单位的质疑和不信任。

此外，学校的学术声誉和质量也会受到影响。学术声誉是一个学校的核心竞争力之一，而发生较多的学术不诚信行为将会对学校的声誉造成负面影响。如果学校频繁出现学术不廉洁的情况，将会引起社会关注和批评，进而影响学校的招生、资金和合作伙伴。

此外，整个学术界也会受到不良影响。当研究生毕业论文查重系统被破解或绕过时，将为学术不诚信行为提供了可乘之机，并间接促使更多的学生参与抄袭、剽窃等行为。这将败坏学术环境，影响到学术发展和研究的真实性与可信度。

为了避免以上后果的发生，学生应当树立正确的学术道德观念并遵守学校和学术界的规定。此外，学校也应加强对学生的教育和监管，并且不断完善查重系统的技术和方法，以提高查重的准确性和可靠性，从而促进学术诚信的践行和推广。只有在全社会共同努力下，才能构建一个廉洁、诚实和可信赖的学术环境，为研究生的成长和社会的进步提供坚实的基础。