随着科技的发展和信息的快速传播，学术界对于学术诚信和学术不端行为的重视也不断增加。其中一个重要的方面就是论文查重，它是一种用来检测文献中是否存在抄袭行为的工具。然而，对于英文期刊论文查重系统是否会检测参考文献这个问题，目前仍然存在着不同的观点。

一些人认为，英文期刊论文查重系统应该会检测参考文献。因为参考文献是学术论文中非常重要的一部分，也是研究者对前人工作的致敬和引用。如果查重系统不对参考文献进行检测，那么可能会导致某些研究者利用这一漏洞，直接从他人的研究中抄袭，并且不会被查出来。

另一些人则认为，英文期刊论文查重系统不会检测参考文献。他们认为，参考文献是研究者引用其他文献的一种方式，是为了向前人学习和推崇。因此，查重系统主要关注的是文章正文的内容，如果将参考文献也包括在内，那么可能会导致一些误判的情况出现，不利于学术研究的发展。

无论是哪种观点，英文期刊论文查重系统的设计和实现都需要权衡利弊。一方面，检测参考文献可以帮助发现抄袭行为，维护学术诚信，但可能会增加系统的复杂性和耗时。另一方面，不检测参考文献可能可以提高系统的效率，但也可能会导致一些潜在的抄袭行为被忽视。

总结起来，英文期刊论文查重系统是否会检测参考文献，目前还没有统一的标准和观点。无论如何，我们应该始终保持学术诚信，尊重前人的研究成果，并在撰写论文时严格遵守学术规范，避免抄袭行为的发生。